《仙剑奇侠传五前传》的结局非常悲壮，整体基调是“十年生死两茫茫”的悲剧，并且与《仙剑奇侠传五》的剧情紧密衔接,结局主要分为以下几个核心部分：

夏侯瑾轩与瑕的结局（生死未卜）

• 坠崖：在最终决战中，夏侯瑾轩为了阻止魔化的枯木（姜世离的师父/魔翳的傀儡）以及保护瑕，与瑕一同坠入悬崖，在坠崖前，瑕恢复了意识,两人相拥坠落。
• 开放性结局：游戏并没有直接给出两人死亡的画面，在结局动画的末尾，出现了一个镜头：在司云崖上，一个书生模样的身影（瑾轩）和一个少女（瑕）站在一起，这暗示两人可能并没有死，而是隐居了，但由于官方没有明确确认，这也成了玩家心中“薛定谔的存活”。

龙溟与凌波的结局（阴阳两隔）

• 龙溟之死：龙溟为了取水灵珠救夜叉族，在神降密境被骨蛇重伤，最终死在凌波面前（实际上凌波当时已死，龙溟是在凌波的魂魄前死去）,他将夜叉族托付给了弟弟龙幽。
• 凌波之死：凌波因盗取神农鼎被蜀山发现，为了守护龙溟的秘密，她拒不交出钥匙，最终在蜀山禁洞中坐化，两人在结局中以一种凄美的方式“重逢”（龙溟死前看到了凌波的幻影）。

谢沧行（罡斩）的结局（兵解牺牲）

• 谢沧行在锁妖塔（蜀山）为了保护姜世离不被枯木利用，以及守护封印，兵解牺牲，他用自己的生命加固了锁妖塔的封印，并重创了枯木,这一幕是游戏中最催泪的桥段之一。

皇甫卓与暮菖兰的结局（孤独守望）

• 皇甫卓：经历了家族变故和好友离去，他最终成长为皇甫家的家主，变得沉稳严肃,独自承担起家族重任。
• 暮菖兰：她为了救村民而奔波，最终虽然村子得救，但瑾轩和瑕生死不明，谢沧行牺牲，她选择留在司云崖，等待瑾轩和瑕的归来（或者守着他们的回忆）。

与《仙剑五》的衔接

• 姜世离：被枯木利用，最终被封印在女娲血玉中（为《仙剑五》中姜云凡救父埋下伏笔）。
• 龙幽：回到夜叉族，成为夜叉王（为《仙剑五》中寻找水灵珠的剧情做铺垫）。
• 蜀山七圣：包括李逍遥（一贫）、太武等人在结局中登场,交代了后续的封印事宜。

《仙剑五前传》的结局是一个“大团圆中的悲剧”，虽然主角团的核心成员（瑾轩、瑕）留下了生还的暗示，但龙溟、凌波、谢沧行等人的牺牲，以及皇甫卓、暮菖兰的孤独，让整个故事充满了遗憾和苍凉感，它完美地填补了《仙剑五》的前因，被许多玩家誉为“仙剑系列剧情巅峰之一”。